BPPD merupakan unsur penunjang urusan pemerintahan bidang pengelolaan perbatasan daerah yang menjadi kewenangan daerah. BPPD dipimpin oleh Kepala BPPD yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah. BPPD terdiri atas :
- Sekretariat terdiri atas dua Sub Bagian :
- Sub Bagian Program dan Keuangan; dan
- Sub Bagian Kepegawaian dan Umum
- Bidang sebanyak tiga terdiri atas :
- Bidang Koordinasi Perencanaan dan Fasilitasi Kerja Sama terdiri atas:
1.1. Sub Bidang Koordinasi dan Perencanaan; dan
1.2. Sub Bidang Fasilitasi Kerja Sama
- Bidang Koordinasi Pelaksanaan terdiri atas :
2.1. Sub Bidang Koordinasi Pembangunan; dan
2.2. Sub Bidang Koordinasi Fasilitasi Penegasan, Pengamanan dan Pemeliharaan
- Bidang Monitoring dan Evaluasi terdiri atas :
3.1. Sub Bidang Monitoring Batas Wilayah Negara dan Kawasan Perbatasan; dan
3.2. Sub Bidang Evaluasi Batas Wilayah Negara dan Kawasan Perbatasan.
BPPD mempunyai tugas membantu Gubernur menetapkan kebijakan program pembangunan perbatasan, menetapkan rencana kebutuhan anggaran, mengoordinasikan pelaksanaan, dan melaksanakan evaluasi dan pengawasan terhadap pengelolaan batas wilayah Negara dan kawasan perbatasan.
Untuk melaksanakan tugas tersebut, BPPD menyelenggarakan fungsi :
- Penyusunan rencana aksi pembangunan kawasan perbatasan;
- Menyusun program dan anggaran pembangunan kawasan perbatasan sesuai dengan skala prioritas;
- Pengordinasian pelaksanaan pembangunan dan pemanfaatan kawasan perbatasan;
- Pelaksanaan fasilitasi penegasan, pemeliharaan, dan pengamanan batas wilayah Negara;
- Penginventarisasian potensi sumber daya untuk pengusulan penetapan zona pengembangan ekonomi, sosial budaya, lingkungan hidup, dan zona lainnya di kawasan perbatasan;
- Pelaksanaan pengendalian dan pengawasan serta evaluasi dan pelaporan pelaksanaan pembangunan kawasan perbatasan;
- Pelaksanaan administrasi kesekretariatan BPPD; dan
- Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh gubernur.
(sumber : Peraturan Gubernur Nusa Tenggara Timur tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Badan Pengelola Perbatasan Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur)